Список тем для розгляду в комісіях Міжсоборної присутності Руської Православної Церкви затверджено на першому засіданні президії 29 січня 2010 року.
Комісія з питань богослов'я:
- богословське осмислення створення світу й людини;
- співвідношення науки й віри;
- ставлення Церкви до існуючих різноманітних перекладів біблейських книг;
- видання матеріалів, що полегшують розуміння текстів Святого Письма, які використовуються у богослужінні.
Комісія з питань церковного управління та механізмів забезбечення соборності в Церкві:
- місце Помісних і Архієрейських Соборів у системі церковного управління;
- процедура та критерії обрання Патріарха Московського і всієї Русі;
- процедура та критерії обрання кандидатів у єпископи;
- питання забезпечення учительної, адміністративної, інформаційної та економічної єдності церковного управління;
- митрополичі округи як форма церковного устрою;
- кордони парафій та членство у парафії;
- соціальна підтримка духовенства і причту;
- питання матеріального забезпечення кліру.
Комісія з питань церковного права:
- кодифікація джерел церковного права;
- принципи інтерпретації канонів;
- церковно-судова практика;
- упорядкування практики здійснення шлюбів (зокрема повторних);
- ставлення до кремації;
- дисципліна посту;
- критерії хіротонії неодружених осіб, які не перебувають у чернецтві.
Комісія з питань богослужіння і церковного мистецтва:
- упорядкування практики здійснення уставного богослужіння;
- літургійні тексти і чинопослідування;
- урегулювання практики здійснення Таїнств та обрядів;
- естетика богослужіння;
- церковна архітектура (будівництво та реставрація), іконопис, церковний спів та дзвони;
- богослужіння в пам'ятні історичні дати;
- загальноцерковне богослужбове передання і місцеві богослужбові звичаї;
- питання про молитву за самогубців і нехрещених.
Комісія з питань парафіяльного життя й парафіяльної практики:
- умови участі в Таїнствах (зокрема — практика підготовки до Причащання);
- духівництво та духівницька практика в сучасних умовах, єпітимійна практика, співвідношення ікономії та акрівіі, розробка керівництва до здійснення сповіді для священиків;
- негативні явища в сучасному парафіяльному житті, способи їх подолання;
- розробка правил етикету для священно- й церковнослужителів;
- організація єпархіального й парафіяльного життя церковної діаспори Московського Патріархату в дальньому зарубіжжі;
- вдосконалення організації парафіяльної фінансової системи.
Комісія з питань організації церковної місії:
- питання катехізації для дорослих, що приступають до Таїнства Хрещення, а також для батьків та хрещених батьків дітей, яких хрестять;
- місіонерство серед тих, хто, будучи хрещеним, не бере участі у церковному житті;
- сучасне місіонерське служіння у середовищі нехристиян;
- місіонерські завдання зарубіжних парафій Руської Православної Церкви;
- церковна експертиза нових місіонерських програм;
- удосконалення підготовки місіонерів на базі існуючих навчальних закладів;
- форми організації роботи з молоддю на загальноцерковному, єпархіальному та парафіяльному рівнях;
- проблематика місії в умовах церковного розколу на Україні;
- місія у соціальних, освітніх та виправних закладах;
- розвиток Місіонерської концепції Руської Православної Церкви.
Комісія з питань організації життя монастирів і чернецтва:
- положення про монастирі й чернецтво;
- внутрішній статут монастирів;
- постриги поза монастирем;
- священнослужіння ченців у жіночих монастирях і на парафіях;
- практика одкровення помислів у монастирях, духовне керівництво ченцями та мирянами в монастирях;
- вступ до монастиря, послушництво та підготовка до прийняття постригу;
- випадки залишання монастиря й чернецтва;
- критерії відкриття монастирів.
Комісія з питань духовної та релігійної освіти:
- підготовка кліриків і церковних фахівців у сфері освіти;
- доробка концепції духовної освіти Руської Православної Церкви;
- теологічні факультети світських вузів;
- проблема фінансування духовних навчальних закладів;
- питання про рукопокладення осіб, які не мають закінченої духовної освіти;
- розробка заходів щодо підвищення ефективності використання в Церкві священнослужителів, які мають фундаментальну богословську підготовку;
- можливості державного фінансування духовних навчальних закладів і православних загальноосвітніх шкіл (гімназії, ліцеї тощо);
- миряни в галузі релігійної освіти;
- впровадження ОПК, викладання релігії в системі загальної світської освіти, підготовка відповідних навчальних посібників і педагогічних кадрів;
- узагальнення наявного досвіду та методів роботи у сфері катехізації з метою створення практичних рекомендацій;
- підготовка парафіяльних катехізаторів.
Комісія з питань організації церковної соціальної діяльності й благодійності:
- створення концепції соціальної та благодійної діяльності Руської Православної Церкви;
підтримка сім'ї, материнства й дитинства; - благодійність та соціальна діяльність на загальноцерковному, єпархіальному, парафіяльному рівнях;
- розробка підходів до здійснення церковної турботи про людей похилого віку, інвалідів, дітей-сиріт, малозабезпечених;
- боротьба з алкогольною та наркотичною залежністю;
- роль мирян у соціальному служінні Церкви;
- духовна та благодійна присутність Церкви у притулках для людей похилого віку, дитячих та молодіжних закладах (дитячих будинках, притулках, виправних колоніях);
- Церква й медицина;
- розробка юридичних засад і механізмів фінансування соціальних церковних програм;
- створення матеріальної бази для здійснення соціальних проектів.
Комісія з питань взаємодії Церкви, держави й суспільства:
- позиція Церкви щодо проблем, які хвилюють сучасне суспільство; розвиток соціального вчення Руської Православної Церкви;
- питання громадської моралі;
- взаємодія Церкви й світу науки;
- взаємодія Церкви й культури;
- Церква та економіка;
- питання біоетики;
- проблеми, пов'язані з ідентифікацією особи та збиранням особистих даних;
- співвідношення церковного та світського права;
- питання законодавства в країнах СНД і Балтії;
- взаємодія Церкви і Збройних сил, правоохоронних органів, державної системи виконання покарань;
- питання глобалізації: міжнародні відносини, проблеми політичної, економічної та культурної глобалізації;
- розробка концепції Руської Православної Церкви щодо проблем екології;
- громадська діяльність православних християн;
- взаємовідносини церковного Священноначалля та православних громадських об'єднань;
- практика заяв і дій ієрархів, духовенства й мирян під час передвиборних кампаній, проблема висування духовенством своїх кандидатур на виборах;
- Церква й політичні партії;
- розробка пропозицій державі щодо увічнення пам'яті новомучеників та потерпілих в роки гонінь;
- розробка церковної позиції стосовно ідентифікації останків, як припускають, Царської сім'ї, знайдених під Єкатеринбургом;
- позиція Руської Православної Церкви щодо ювенальної юстиції.
Комісія з питань протидії церковним розколам та їх подолання:
- богословський та канонічний аналіз сучасних розколів;
- розробка практичних рекомендацій щодо запобігання та подолання розколу;
- прийняття до лона Православної Церкви кліриків та мирян, що перейшли з розколу;
- питання про церковне поминання осіб, які перебувають у розколі;
- ікономія й акрівія у визнанні таїнств, що здійснюються в розкольницьких угрупованнях.
Комісія з питань ставлення до інослав'я та інших релігій:
- оцінка сучасного стану міжхристиянського діалогу;
- припустимі форми спілкування представників Церкви з інославними;
- правила і практики приєднання інославних до Церкви;
- проблематика двостороннього діалогу з давньосхідними Церквами, католиками та протестантами;
- концепція участі Руської Православної Церкви у міжрелігійних та міжхристиянських організаціях, у багатосторонніх та двосторонніх діалогах з інославними церквами;
- питання змішаних шлюбів;
- розробка концепції Pуської Православної Церкви щодо ставлення до інших релігій;
- питання рецепції документів, які Церква обговорює або приймає на міжхристиянських і міжрелігійних переговорах.
Комісія з питань інформаційної діяльності Церкви і відносин зі ЗМІ:
- інформаційна політика Церкви;
- церковні ЗМІ як суспільно значимі засоби;
- роль ЗМІ у врегулюванні конфліктних ситуацій;
- ставлення Церкви до богохульства у ЗМІ, наклепницьких публікацій;
- питання відповідальності журналістів.